在有機肥的制作生產過程中，首先解決也是比較重要的問題就是堆肥。堆肥作為傳統的生物肥處理技術，經過多年來的發展和改進，正朝著機械化、商品化方向發展。尤其是近年來，鄭州程翔重工將堆肥發酵微生物作為研究對象，開發出一系列堆肥發酵特殊微生物，使堆肥效率明顯提高，并且避免了傳統堆肥過程中出現的臭味和霉變，以及對環境造成的二次污染等問題，這將是以后
有機肥設備發展的首要方向。在堆肥處理方法中，生物處理法是近年研究較多的一種方法，其中以有氧發酵為主。這種方法具有成本低、發酵產物生物活性強、肥效高、易于推廣的特點，同時達到了去臭、滅菌的目的。
一般認為，堆肥化是在微生物的作用下通過發酵使有機物礦質化、腐殖化和無害化而變成腐熟肥料的過程，在微生物分解有機質的過程中，不但生成大量可被植物吸收的有效態氮、磷、鉀等化合物，而且又合成新的高分子化合物——腐殖質，它是構成土壤肥力的重要活性物質。
堆肥是指在一定的條件下，通過微生物的作用，使畜禽糞便、作物秸稈或食用菌廢糠等可降解的有機物經過發酵、腐熟等過程，不斷被降解和穩定，并產生出一種適宜于土地利用的產品的過程。堆肥過程中也可以通過添加微生物發酵劑或采用工廠化方法控制堆制條件以加快堆肥的進程，提高堆肥質量。
堆肥一般分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。好氧堆肥是在有氧的情況下有機物料分解的過程，其代謝產物主要是二氧化碳、水和熱；厭氧堆肥是在無氧的條件下有機物料分解的過程，其主要產物是甲烷、二氧化碳和許多低分子量的中間產物，如有機酸等。厭氧堆肥和好氧堆肥相比較，單位質量的有機質降解產生的能量較少，而且厭氧堆肥通常容易發出臭味。由于這些原因，目前大部分堆肥工程系統都采用好氧堆肥。
上圖：生物肥發酵設備（槽式翻拋機）
